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國家“863計劃”現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術領域通過攻關精細定位和克隆一批重要性狀的有利基因，開發(fā)一批功能標記，奠定了開展分子標記育種的技術基礎

在水稻上，成功開發(fā)控制稻米品質(zhì)形成的淀粉合成相關酶基因分子標記35對，精細定位和圖位克隆水稻籽粒寬度基因GW5、顯性矮稈基因（dx）、水稻穗部性狀突變體ap、水稻花粉隱性核不育基因ms～nop、香味基因和紅蓮型恢復基因Rf6（t）；獲得水稻白化基因共分離SSR標記3個，第4染色體上白背飛虱拒食抗性基因qSI～4的分子標記M3013和M6603、第6染色體上白背飛虱殺卵抗性基因qOVI～6的特異分子標記M2324和M2529、第3和第6染色體上大?；颍℅W3,GW6）的特異標記RM282、RM6836、第2染色體上少蘗基因（ft）的分子標記RM6874和RM5764等

開發(fā)出小麥高分子麥谷蛋白亞基By8、By16、Dx5、Bx14和Bx17，低分子量麥谷蛋白亞基Glu～D3、Glu～B3基因單元型及多酚氧化酶活性（Ppo～2A,2D）、黃色素（Psy～A1）和抗穗發(fā)芽（VP～1B）基因的功能標記；獲得小麥抗條銹新基因YrC108、YrC142、YrC110和Yr26，抗白粉病基因Pm6和Pm12，抗赤霉基因（3B）和抗黃矮病基因Bdv2的分子標記。

在玉米染色體2和3上獲得2個“一致性”抗病絲黑穗病基因的SCAR標記scar～195（2.6cM）和scar～111（2.4cM），抗玉米紋枯病QTL的臨近SSR標記umc1245（0.01～5.89cM），第6和第9號染色體上的抗穗粒腐病QTL鄰近分子標記aggcaa675和acactt825。

獲得大豆耐鹽基因的CAPS標記1個和SNP標記4個，大豆過敏蛋白GlymBd28K的In/Del標記1個。在大豆B2和L連鎖群檢測到2個產(chǎn)量QTL，獲得穩(wěn)定表達的四粒莢和單莢粒數(shù)QTL，在A2連鎖群的Satt424~Sat_162區(qū)間檢測到干豆腐和干豆乳得率主效QTL各1個，在連鎖群H上qRMC～h～1和D1b連鎖群上qRMC～d1b～2區(qū)間檢測到抗篩豆龜蝽QTL。

開發(fā)油菜含油量相關功能基因標記65個，蛋白質(zhì)含量的功能標記ESTP35，芥酸功能基因的Indel標記1個，油酸合成基因FAD2的SCAR標記1個。將油菜黃種皮基因定位于擬南芥的第5染色體，并獲得兩側分子標記距黃種皮基因的距離分別為0.36cM和0.56cM，在甘藍型油菜LG20連鎖群上檢測到2個硫苷含量QTL，獲得4個與油酸含量相關的QTL（OAQ1、OAQ2、OAQ3和OAQ4），位于N13、N8、N13和N1連鎖群，3個抗甘藍型油菜菌核病QTL，3個花生油份含量QTL（oilc01、oilc02和oilc03），6個花生抗黃曲霉侵染QTL。

開發(fā)出抗馬鈴薯晚疫病基因的CAPS標記8個和AFLP標記14個。獲得白菜雄性不育AFLP標記8個，甘藍顯性雄性不育基因Ms標記12個，抗番茄黃萎病基因的SSR和AFLP標記4個，抗CMV基因的ISSR分子標記2個，抗根結線蟲基因的AFLP分子標記1個，黃瓜苦味基因的SCAR標記SC87。在林木上，獲得桃有毛/無毛的SCAR分子標記，桃果實酸基因的SCAR分子標記，桃白肉基因的分子標記UDP98～407(680bp)，櫻桃自交可育性狀基因的共分離AS～PCR分子標記。

克隆出在楊樹木材形成后期特異表達基因的啟動子3個，從毛白楊形成層cDNA中分離出PtABP1基因全長cDNA序列，獲得與楊樹次生生長相關的蛋白AAO49811。